本作描绘了少女艾丝蒂尔为了寻找在前作结局中突然不见踪影的轨迹少年约书亚，

版下踏上全新旅程的载S正版故事。

《空之轨迹 the 2nd》为故事RPG《空之轨迹 the 1st》的分流正统续作 。